Die Ursprungsgeschichte geht in Gotham weiter und es steht mehr auf dem Spiel als je zuvor, da noch ehrgeizigere und verdorbenere Superschurken eingeführt werden und eine Verschiebung der Allianzen den Kampf um die Macht in Gotham City auf den Kopf stellt. In der zweiten Staffel stehen Detective Jim Gordon (Ben McKenzie) und der ethisch fragwürdige Veteran Detective Harvey Bullock (Donal Logue) weiterhin an vorderster Front im Kampf gegen die Kriminalität in dieser gefährlich korrupten Stadt. Während er sich Gothams berüchtigtsten Verbrechern gegenübersieht, gerät Gordons moralischer Kompass jedoch ins Wanken, doch er wird unter die Fittiche von Nathaniel Barnes (Michael Chiklis) genommen, einem Law-and-Order-Eiferer, der keine Angst davor hat, sich Feinde zu machen. Gleichzeitig setzt Gordon seine Suche fort, das Vertrauen des jungen Bruce Wayne (David Mazouz) zu gewinnen, der sich auf dem Weg zu dem Mann befindet, der er werden soll, nachdem er mithilfe seines Vaters die tiefsten Geheimnisse seines Vaters entdeckt hat Der vertrauenswürdige Butler und Mentor Alfred Pennyworth (Sean Pertwee) und der neue Verbündete bei Wayne Enterprises, Lucius Fox (Chris Chalk). Im epischen Revierkampf am Ende der ersten Staffel erkämpfte sich Oswald Cobblepot alias der Pinguin (Robin Lord Taylor) die Macht über Gothams Unterwelt. Zu Beginn der zweiten Staffel wird Gotham weiterhin die sich entwickelnden Geschichten der bösartigsten Bösewichte der Stadt verfolgen: Edward Nygma/The Riddler (Cory Michael Smith), dessen Verwandlung vom forensischen Experten des Gotham PD zum psychisch verwirrten Bösewicht weitergeht; Selina Kyle/die zukünftige Catwoman (Camren Bicondova), deren hartes Leben sie in ein Leben voller Krimineller treibt; und die zunehmend instabile Barbara Kean (Erin Richards), die es auf Gordon und seine Freundin Dr. Leslie Thompkins (Morena Baccarin) abgesehen hat. Auch Theo Galavan (James Frain), der milliardenschwere Industrielle, hofft, seine Spuren in der Stadt zu hinterlassen und scheint der Retter zu sein, auf den Gotham gewartet hat. Theo hält zusammen mit seiner Schwester und Hauptvollstreckerin Tabitha Galavan alias Tigress (Jessica Lucas) ihren jahrhundertealten Rachefeldzug geheim, während sie ihren Weg zur Macht manipulieren. Zusammenfassung: Die Dunkelheit wächst über GOTHAM, da ehrgeizigere und verdorbenere Superschurken eingeführt werden und eine Neuausrichtung der Allianzen den Kampf um die Macht in Gotham City auf den Kopf stellt. Mit den Detectives Jim Gordon und Harvey Bullock an vorderster Front im Kampf gegen die Kriminalität in dieser gefährlich korrupten Stadt wird in der zweiten Staffel Gordons moralischer Kompass ins Wanken gebracht, als er sich den berüchtigtsten Verbrechern Gothams stellt. Gleichzeitig setzt er seine Suche fort, das Vertrauen des jungen Bruce Wayne zu gewinnen, der nun auf dem Weg zu dem Mann ist, der er werden soll, nachdem er die tiefsten Geheimnisse seines Vaters entdeckt hat. Im epischen Revierkampf am Ende der ersten Staffel erkämpfte sich der Pinguin die Macht über Gothams Unterwelt. In der zweiten Staffel folgt GOTHAM den sich entwickelnden Geschichten von Edward Nygma/The Riddler und Selina Kyle/der zukünftigen Catwoman sowie den Ursprüngen neuer Bösewichte, darunter The Joker und Mr. Freeze.